home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Learning Games / Learning Games (1995)(Maple Media).iso / hyper / abouthyp.txt next >
Encoding:
Text File  |  1992-10-25  |  5.4 KB  |  144 lines
  1.              ABOUT HYPERBOLIC REGRESSION ANALYSIS
  2.              ------------------------------------
  3.  
  4.                 HYPER.EXE, Version 1.00, 1992
  5.                    Copyright J S Easterby
  6.  
  7.  
  8. Hyper.exe
  9. ---------
  10.  
  11. Hyper.exe is a programme for the analysis of enzyme-kinetic data.
  12. The velocity (v) of enzyme-catalysed reactions is hyperbolically related
  13. to the substrate concentration ([S]) through the Michaelis-Menten 
  14. equation:
  15.  
  16.     v = Vmax.[S]/(Km + [S])
  17.  
  18. where Vmax and Km are kinetic constants characteristic of the particular
  19. enzyme and substrate. 
  20.  
  21. These constants are estimated in experiments in which [S] is varied and 
  22. v measured. They are usually extracted by some linear transformation of 
  23. the data such as the Lineweaver-Burk or Hanes plots. These transformations
  24. are unsatisfactory as they can result in artificial weighting of the data
  25. leading to erroneous estimates of Vmax and Km.
  26.  
  27. A better approach is to fit the data directly to the best possible 
  28. hyperbola. This is achieved by Hyper.exe using non-linear regression 
  29. analysis. Lineweaver-Burk, Hanes, Eadie-Hofstee and Parameter Space plots 
  30. and the kinetic constants derived from them are also provided for
  31. comparison.
  32.  
  33. The linear plot equations are as follows:
  34.  
  35.     Hanes Plot:
  36.             [S]/v = Km/Vm + [S]/Vm
  37.  
  38.     Lineweaver-Burk Plot:
  39.             1/v = (Km/Vm).(1/[S]) + 1/Vm
  40.  
  41.  
  42.     Eadie-Hofstee Plot:
  43.             v = Vm - (v/[S]).Km
  44.  
  45.     Parameter Space Plot:
  46.         
  47.         For any pair of v and [S] values there is an infinite 
  48.         number of Vm and Km values which will satisfy the 
  49.         Michaelis-Menten equation. In the parameter space plot
  50.         Vm and Km are treated as the variables. For each data pair
  51.         a line is drawn connecting v on the ordinate axis and [S]
  52.         on the abscissa. For n data pairs there will be n such
  53.          lines and these will have n(n-1)/2 intersections. 
  54.         The v and [S] values at the intersections correspond 
  55.         respectively to Vm and Km values satisfying the 
  56.         Michaelis-Menten equation for the corresponding two pairs
  57.         of s\v data. The best estimates of Vm and Km for the data
  58.         set as a whole are taken as the medians of the points
  59.         of intersection.
  60.  
  61. The programme should be of use in undergraduate teaching for the 
  62. demonstration of the effects of experimental error and analysis method on
  63. the evaluation of kinetic constants but will also prove of day-to-day use
  64. for the analysis of kinetic data in Life Science laboratories.
  65.  
  66.  
  67. Installation
  68. ------------
  69.  
  70. To install Hyper, run Windows 3.x and from within Program Manager or
  71. File Manager run A:\setup.exe. You will be prompted for an appropriate
  72. directory into which to install the programme.
  73.  
  74. Hyper will require approximately 400-500K of free memory to load and
  75. Windows 3 standard or enhanced mode to run.
  76.  
  77.  
  78. Automatic Running and Loading of Data Files
  79. -------------------------------------------
  80.  
  81. Data files for Hyper have the file extension .hyp. Hyper may be started
  82. with a data file as a command-line option (eg. Hyper data.hyp or just
  83. hyper data). Alternatively, Hyper may be run with no command-line option
  84. and the data subsequently entered or loaded from disk.
  85.  
  86. The first time Hyper is run it will modify Win.ini to create an
  87. association between itself and .hyp files. Thereafter, 'double-clicking' 
  88. a .hyp file or running one from the File or Program Managers will
  89. automatically load Hyper.exe. For this option to work Hyper.exe must be
  90. in a directory on your Path.
  91.  
  92.  
  93. Data File Format
  94. ----------------
  95.  
  96. Data files should be saved with the extension .hyp. They may be created
  97. using any text editor or word processor and saved in text format.
  98. Substrate concentrations and enzyme velocities should either alternate
  99. on a line separated by tabs, spaces or linefeeds, or should be contained
  100. in two adjacent columns ([S] first). 
  101.  
  102. Data may also be pasted from editors, word processors and spreadsheets 
  103. using the clipboard. Data may also be entered directly through the
  104. editor contained in Hyper.exe and saved to disk.
  105.  
  106. Five example data files are supplied. These are named perfect.hyp,
  107. data1.hyp, data2.hyp, data3.hyp and data4.hyp. The first contains a 
  108. short set of perfect hyperbolic data. data1 and Data2 contain poorer,
  109. simulated data with uncertainties of 20% and 30% respectively on the
  110. velocity measurements.
  111.  
  112.  
  113. Printing Data, Results and Graphs
  114. ---------------------------------
  115.  
  116. Data and results may be copied to the clipboard or printed directly
  117. to the default printer.
  118.  
  119. Graphical output of the hyperbola or other plots may also be copied to
  120. the clipboard or printed directly to the printer. 
  121. To obtain the maximum size of graphic on the clipboard, 
  122. the graphic screen should be maximised before copying.
  123.  
  124.  
  125. Calculation Speed
  126. -----------------
  127.  
  128. You are limited to 100 [S],v pairs in this version of Hyper.
  129. For large data sets, calculation speed can be increased by iconising or
  130. not showing graphs during calculations. This obviates the need for 
  131. updating graphics screens as data are changed or recalculation carried out.
  132.  
  133. The parameter space calculations are slow for large sets of data and 
  134. therefore the calculation has its own option button. The parameter space
  135. calculations are carried out in the background and may be interrupted by 
  136. pressing the button a second time or by pressing the Esc (escape) key.
  137.  
  138.  
  139. Weighting
  140. ---------
  141.  
  142. Simple weighting may be applied to velocity data. This assumes that the
  143. variance of the velocity is proportional to its square. Weighting may be
  144. chosen as a menu option.